一、综合事业部。负责处理公司的日常事务，内外综合协调，公文处理，劳资福利和后勤工作。
二、建设管理部。负责设计管理，施工管理，测量计量工作，协调承包方、监理、设计三方关系，负责工程技术资料、文件的整理归档。
三、质量管理部。负责工程质量管理和工程质量的检测、实验工作，配合质量监督站有关质量管理工作以及工程竣工资料的整理移交。
四、计划合同部。负责工程计划管理，合同管理，投资控制，招投标管理等工作。
五、财务审计部。负责集团公司的资金筹集与管理、资产管理、成本管理、财务综合管理，负责工程核算、建设管理费核算、财务会计与审计等工作。
六、企业管理部。负责企业生产经营管理工作，组织实施董事会决议，制定企业管理的规章制度等。
七、移民环保部。负责与市移民办配合，完成移民搬迁任务，负责库区水土保持和环境保护工作。
八、安全保卫部。负责治安秩序和安全保卫工作，负责工程建设安全生产和文明工地的创建工作。
九、纪检监察室。负责对二期建设全过程的各个环节进行廉政监督和检查。